İlk seferine 1996 yılında başladı. Akdeniz ile Ege Bölgesi’ni birbirine raylarla bağlayan Göller Ekspresi, elverişli altyapının olmaması sonucu faaliyetine devam edemedi. 23 yıl aradan sonra 2019 yılının Ekim ayında Türkiye Cumhuriyeti Devlet Demiryolları İşletmesi (TCDD) tarafından, Isparta-İzmir şehirleri arasında seferine tekrardan başladı. Göller Ekspresi ile yolculuk süresi ortalama olarak sekiz saat 30 dakika sürmektedir. Burdur’dan trene binecek yolcular için Gümüşgün durağından Burdur’a kadar otobüslerle aktarma yapılmaktadır. Isparta’dan yolan çıkan Göller Ekspresi Burdur, Denizli, Nazilli, Aydın, Ortaklar, Torbalı başta olmak üzere 30 duraktan yolcu alıp bırakarak İzmir’e ulaşmaktadır. Ekspres tren, Isparta’dan saat 22.00’da yola çıkarken, karşılıklı hareket ederek Basmane’den yola çıkan tren ise 22.30’da yolculuğuna başlamaktadır. Dört set vagondan oluşan Göller Ekspresi’nde ilk iki vagon numarasız iken son vagonlarda biletler numaralı olarak satılmaktadır.

Gezi amaçlı Göller Ekspresi’ni tercih eden yolcuların doğal güzellikleri ile ünlü Eğirdir Gölünü, Kovada Gölü Milli Parkını, Yazılı Kanyonu, Gölcük Gölü Tabiat Parkı’nı ve lavantası ile ünlü Kuyucak Köyü’nü de ziyaret etmek isteyecekleri destinasyonlar arasındadır. Kış döneminde de Davraz Kayak Merkezi tercihler arasında yer almaktadır. Tren biletlerinin, otobüs ve uçak biletlerine göre uygun fiyatlı olması ve öğrenci, yaşlı indirimi gibi indirimlerinin de olması ve eskiye nazaran daha hızlı ve konforlu seferlerin de başlaması sebebiyle tren yolculuğu ulaşımda tercih edilmektedir.